生物信息学课题组

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谢江
博士,副教授
博士生副导师
电子邮箱:jiangx@shu.edu.cn
生物信息学,高性能计算。包括:生物网络与网络医学的研究;蛋白质结构与功能预测;大规模数据下的计算模拟及数据分析;面向生物网络的问题求解平台研究等。

简介:
谢江,中国计算机学会开放系统专业委员会委员,“Workshop on Data-Intensive Scientific Discovery (DISD2013)”组委会主席和程序委员会委员。2008年起任职于上海大学计算机学院,现担任院长助理职务。 自2004年以来,谢江一直致力于高性能计算和计算系统生物学方面的研究,特别在生物网络及相关问题求解环境、蛋白质结构与功能、帕金森氏病以及并行计算的研究方面有一定程度的积累。谢江已在多个国际期刊包括PLos ONE和Biomaterials以及IEEE E-Science、IEEE/WIC/ACM等重要国际会议上发表相关论文30余篇。参加了国家973计划“神经变性病的机制和防治的基础研究”子课题和上海市科委重点项目“一种高效能分布式计算系统及其应用研究”,目前是教育部博士点基金主持人,并参与国家自然科学基金重大研究计划培育项目“基于格子Boltzmann方法的大规模可扩展并行计算研究”。另获得发明专利2项,申请专利2项。

主要研究方向:
生物信息学,高性能计算。

代表论著与专利:

1、Minchao Wang, Wu Zhang, Wang Ding, Dongbo Dai, Huiran Zhang, Hao Xie, Luonan Chen, Yike Guo,Jiang Xie*. Parallel Clustering Algorithm for Large-scale Biological Data Sets. PLoS ONE,9(4): e91315, 2014

2、Wang Ding, Jiang Xie, Dongbo Dai, Huiran Zhang, Hao Xie, Wu Zhang. CNNcon: Improved Protein Contact Maps Prediction Using Cascaded Neural Networks. PLoS ONE,8 (4): e61533,2013

3、Jiang Xie, Zhonghua Zhou, Kai Lu, Luonan Chen, Wu Zhang. Visualization of Biomolecular Networks’ Comparison on Cytoscape. Tsinghua Science and Technology,18 (5): 515-521, 2013

4、Shangyun Xia, Jiang Xie, Dongbo Dai,Huiran Zhang,Qing Nie,Shigeo Kawata, Wu Zhang. KVM Combined with Hadoop Application based-on CPSE-Bio. Journal of Next Generation Information Technology,4 (3): 160-166, 2013

5、Jiang Xie, Wu Zhang, Shihua Zhang, Tieqiao Wen. A Parallel Method for Querying Target Subnetwork in a Biomolecular Network. International Journal of Numerical Analysis & Modeling,9 (2): 326-337, 2012

6、Shigeo Kawata, Takashi Ishihara, Daisuke Barada, Wu Zhang, Jiang Xie, Hitohide Usami, Takayuki Teramoto, Masami Matsumoto, Yasuhiko Manabe, Yoshikazu Hayase, Tae Whan Kim. Uncertainty Management in Computer Assisted Problem Solving Environment (PSE) for Scientific Computing. Journal of Convergence Information Technology,8 (6): 449-456, 2013

7、文铁桥,顾知立,俞淑,谢江. 一种与帕金森病相关的果蝇源蛋白CG2233及其应用. 专利申请号:200810037700.2

8、谢江,谭军,马进,张武,文铁桥。基于专家知识与拓扑相似的邻居优先生物分子子网搜索方法.专利申请号:201210358669.9

9、张武,张律文,张轶雯,宋安平,谢江,封卫兵. 人工基因调控网络的模拟方法. 专利号: ZL 200910199849.5

10、张武,张律文,肖梅,谢江,宋安平,何冰. 一种逐步回归基因调控网络的推断方法. 专利号: ZL 200910199850.8